La FEPEF est une fédération d’églises autonomes qui, elle-même, est affiliée au CNEF (Conseil National des Évangéliques de France). Elles partagent les mêmes valeurs doctrinales et ont décidé de travailler ensemble. Chacune de ces églises est constituée en association cultuelle et déclarée en Préfecture ou au Tribunal Administratif selon la région dont elle dépend (Loi 1905 Alsace Moselle).

Ce sont aujourd’hui plus de 90 églises qui, portées par une même vision, se soutiennent, échangent des savoir-faire, transmettent des ressources. Parce  que  « deux valent mieux qu’un » dit l’Ecclésiaste et parce qu’ensemble, unis dans un véritable amour fraternel, se crée la synergie nécessaire permettant de remplir la grande mission que Jésus nous a confiée.